盡管疏水相互作用在抗原表位-抗體的結(jié)合中起了重要作用，但這些力同樣能促進非特異結(jié)合。由于一些氨基酸的中性側(cè)鏈，大部分蛋白有著某種程度的疏水性。將組織與熱滅活的正常血清或牛血清白蛋白（BSA）共同孵育，是降低非特異疏水結(jié)合的常用步驟。正常血清類型的選擇對預(yù)防與一抗或二抗的相互作用，或預(yù)防與待染色組織/細胞的相互作用很重要。例如，在使用山羊來源的一抗時，不建議用山羊血清作為封閉劑。而是推薦與二抗的宿主動物相同的血清或來自不相關(guān)物種的血清。BSA和脫脂奶粉常用作封閉劑。這些試劑通常包含在一抗和二抗的稀釋液中。非離子去污劑如0.3% Triton X-100?或Tween 20?的添加也能降低非特異疏水相互作用。
如果使用的抗體與目的組織有著相反的凈電荷，那么離子相互作用可能導(dǎo)致非特異的背景染色。例如，非特異染色可能來自相反的羧基和氨基相互作用。范德華力、兩級分子間的弱靜電相互作用也能起作用。增加固定劑和/或抗體稀釋液的離子強度能降低離子相互作用。不過，表位-抗體結(jié)合通常依賴于離子強度，因此這種方法也可能負面影響染色特異性。由于單克隆抗體的單表位特異性，與多克隆抗體相比，增加離子強度更可能損害其性能。